Khuyến cáo luôn cần có đủ liệu pháp chống đông máu ban đầu đối với huyết khối tĩnh mạch sâu để ngăn ngừa sự phát triển của huyết khối và thuyên tắc phổi. Theo đó, heparin không phân đoạn tiêm tĩnh mạch, heparin trọng lượng phân tử thấp và các thuốc kháng đông thế hệ mới đóng vai trò chủ chốt trong điều trị huyết khối tĩnh mạch sâu chi dưới giai đoạn cấp. Tuy nhiên, việc lựa chọn phác đồ nào còn tùy thuộc vào từng bệnh cảnh cũng như xem xét dùng đến thuốc tiêu sợi huyết nếu huyết khối tĩnh mạch sâu diễn tiến đến biến chứng nghiêm trọng.